1788年林爽文帶領殘餘的叛軍聚集小半天(南投鹿谷)山頂，與渡海而來清朝的正規軍發生激戰。此時距離農民起義已經一年三個月，事件接近尾聲。後來清高宗將此事件紀錄成他統治生涯的十全武功之一，歷史總是勝者才有發言權，誰說英雄要有紀念碑。這裡是孟宗竹林古戰場，設有石階步道供旅人參訪。鹿谷鄉生產茶葉與竹筍，因為山區森林資源豐富，也開闢了許多觀光景點。
清朝官方的紀錄
早在1782年清高宗就有諭旨，指出台灣為海外重地，民番雜處，各族群間常有械鬥。調任的官員任期三年，時間太短而無心經營，諭令任期改為五年。1785年台灣總兵柴大紀於兩日內分別呈給皇帝一份奏摺，清高宗本以為有要緊的事，卻發現是無關緊要的小事，認為柴大紀無法勝任海疆重地，決定要調任。然而不久之後發生官員遇到生番被殲首，十餘人被害，柴大紀率文武官員進山圍剿，前後兩次共殺死38名原住民。此事使清高宗改變看法，認為遠近番眾自必憚其威名，不敢再滋事，因此讓柴大紀回任台灣總兵。
1787年初，水師提督、陸路提督紛紛上奏台灣發生民變，並帶兵渡台。起初皇帝認為林爽文只是一般盜匪結黨橫行，在水陸兩提督帶兵整治下，應可以很快平定亂事，但經過了三個月台灣北、中、南各地農民陸續響應起義，官府被農民攻下又被清兵奪回，各有損傷。所以清高宗決定調派閩浙總督常青至台灣統兵，雖然清兵有鎗砲，僅能勉強守住縣城，無法攻下林爽文部眾山區的據點。
直到1787年底，改派福安康與騎兵海蘭察帶領精銳部隊來台灣，加上與林爽文不同族群的本地民眾，支援官府的軍事掃蕩，以及本來加入林爽文的部眾因情勢轉變而叛逃，三個月後活捉林爽文與其家人、主要幹部至北京審判並錄下口供，最後以酷刑處死。事後清高宗也提出檢討，認為派遣台灣的官兵長期從人民身上取得利益，紀律敗壞，又以剿匪為名動輒燒毀民宅，造成民怨沸騰，才會發生農民起義的事件。
聲名狼藉的官員大多在起義不久被殺，柴大紀身為清朝台灣總兵，多次領兵擊退林爽文部眾，當時諸羅縣城僅用竹柵圍成難以防守，因此柴大紀派兵埋伏城外要道，成功阻止林爽文的進攻，有勇有謀被冊封為一等義勇伯。然而柴大紀明知官員貪贓枉法卻不圖改善，後來被彈劾於1788年，在北京被處死。當時因林爽文事件被處死的官員還有另外兩位，革職的有六位包含常青。
台灣民間的研究
林爽文做過基層衙役，時常自掏腰包幫助被官府拘禁的農民脫困。雖然口供稱自己不識字、家境貧困，因官員要抓結黨的匪徒，任意燒毀民宅，因此被激憤的眾人推舉為反抗軍首領，然而這是嚴刑拷打下的供詞。當時清軍無力平定亂事，皇帝下令刨除林氏在福建漳州的祖墳，以挫其銳氣。然而派員尋訪當地卻無所獲，其後捕獲林爽文父親林勸，與林爽文的部將等人，也都問不出更多線索。最後由該縣進士林屏南提供的資訊，說多年前有一位叫林爽的年輕人，年約20以內常來閒遊，為林恪之孫，才找到林氏祖墳。然而清高宗在林勸被捕之後，卻改變心意，下令祖墳不值得再行查辦，甚至想要免除林勸的死罪，遭到大臣們的嚴厲反對。
林爽文若真為市井流氓，又怎會有如此堅強的決心與毅力，在腹背受敵的情況下，撐了一年三個月，與清廷大軍戰到最後一刻，沒有投降、自殺或叛逃，而是坦然面對刑罰與審判，更何況當時家人、親信都團結一心，在被抓後經過拷打審問，也沒有供出更多線索。當時在大里的林氏宗族長輩，也曾經勸林爽文不要起事，然而民怨沸騰勢不可擋，決定起事的林爽文絕非一時衝動，雖然知道結果可能失敗。
清高宗貴為一國之尊，有能力調動全國的資源，卻花了一年多的時間，八百萬兩白銀，才平定民變，也相當重視叛軍的口供，可見皇帝也認為林爽文是一個可敬的敵人，只是不能頒匾額給他。任何對於王權統治有威脅的人，甚至是做得不正確的清朝大臣，也要處死以示警告。目前在台灣以爽文命名的學校與道路，位於大里與中寮。事件過後承擔罪責的人面臨死刑，其他人則留下無法磨滅的共同記憶。
另一位值得一提的是叛軍領袖莊大田，兩次攻陷鳳山縣。 第一次假裝敗退，將官兵引出城，趁其不備由另一端攻入縣城。第二次也是假裝敗退再圍攻，官兵緊急撤退時，部分叛軍穿著官兵服裝，進城放火。莊大田善於用計，攻其不備，雖然之前只是一農民。最後福安康進軍屏東才抓到莊大田，於台灣府城被凌遲處死。莊大田的供詞說他沒見過林爽文，也不屬於他的管轄，與林爽文供詞相同。不論是否為真，兩人的目標是一致的。